Parallèlement, il développe un autre cycle qu’il intitule « La pensée magique », qui mêle réflexion et récit, s’appuyant notamment sur la Préhistoire pour tenter de mettre au jour les invariants parvenus jusqu’à nous : Préhistoires, La splendeur escamotée de frère Cheval, L’avenir des simples, Qui terre a Guerre a. Jean Rouaud a également écrit un essai biographique sur Rimbaud, des articles dans la presse allemande et française, des documentaires sur Cadou, Carnac, Bibracte et la Poche de Saint-Nazaire.